Bộ phim Chú Gà Siêu Quậy là đoạn tiếp theo của một câu chuyện cổ tích về một chú gà nhỏ Chicken Little, chú đã gây ra một nỗi khiếp sợ ở khắp mọi nơi vì lý do rất ngốc nghếch: chú tưởng một quả đầu rụng là một mảng trời rơi xuống đất và cho rằng trời đang chuẩn bị đổ sụp xuống.
Trong cuộc phiêu lưu vui nhộn này, nhân vật Chicken Little quyết tâm lấy lại danh tiếng của mình. Sau vụ “quả đầu xui xẻo” thì tên tuổi Chicken Little bị bêu riếu nặng nề ở quê nhà Oakey Oaks của chú. Dù rất buồn nhưng không hề nản chí, gà ta quyết không làm phụ lòng người cha kính yêu Buck Cluck của mình. Chicken Little tham gia vào đội bóng chày của địa phương và ghi điểm ngoạn mục, dù có một sự thật hiển nhiên rất đáng buồn là gà con chỉ to hơn quả bóng chày có chút xíu.
Dường như Chicken Little có cơ hội để chuộc lại lỗi lầm. Thế nhưng, rủi thay mọi chuyện lại không được như ý khi có một mảng trời lại rơi xuống đầu chú thật! Chicken Little lo sợ người ta lại nghĩ chú bị điên nên chẳng nói với ai về chuyện đó ngoài mấy người bạn thân của gà con là Runt of the Litter, Abby Mallard (thường gọi là Ugly Duckling) và Fish Out of Water, những người bạn chẳng bao giờ bỏ qua cơ hội lấy cậu ra làm trò đùa.
Từ đó xảy ra bao chuyện nghi ngờ, lộn xộn và tất nhiên là cười vỡ bụng với Chicken Little và nhóm bạn của mình. Chỉ mình nhóm biết mối nguy hiểm có thể xảy ra cho thị trấn Oakey Oaks và chỉ có họ bên nhau để cứu nguy cho quê nhà. Nhưng cuối cùng, Chicken Little nhận ra rằng chú phải báo cho cha và mọi người biết sự thật trước khi quá muộn. Và khi cha cậu hiểu rằng lần này cậu nói thật thì ông đã cùng con trai và bạn bè cậu đoàn kết lại để cứu thế giới thoát khỏi hiểm họa.
Chicken Little có vẻ luôn bị ám ảnh bởi việc làm thế nào để chứng minh cho mọi người hiểu cậu không phải là một chú gà con ngốc nghếch lúc nào cũng tưởng bầu trời sắp đổ ụp xuống đầu mình. Vấn đề không phải là thái độ của mọi người dành cho gà con mà chính là sự phiền lòng và thiếu ủng hộ của cha cậu mới thực sự khiến cậu phải suy nghĩ. Sau khi biết rằng cha rất yêu Chicken Little, luôn sẵn sàng giúp đỡ cậu thì cậu đã thay đổi hẳn.
Qua bộ phim này, cả Chicken Little và các bạn nhỏ học được một điều rằng ai cũng phải tự mình phấn đấu. Người cha có thể đóng vai trò rất quan trọng trong cuộc sống, nhưng Chicken Little phải luôn tự tin vào bản thân mình có thế người khác mới tin cậu được.