Cửu Tiêu Hàn Dạ Noãn xoay quanh mối lương duyên của Tô Cửu Nhi và thiếu chủ Hàn Tranh. Nữ chính Tô Cửu Nhi là một tiểu tuần vệ thuộc Đốc tra vệ của thành Cửu Tiêu tại nước Càn. Cô có mong muốn trở thành một tuần vệ đúng nghĩa nhưng cơ địa sinh ra vốn yếu ớt, năm giác quan suy yếu.
Hàn Tranh là thiếu chủ của Kỳ tộc, người được mệnh danh là thiếu chủ “ngoài lạnh trong nóng”. Những người thuộc Kỳ tộc được cho là có sức mạnh hơn người, năm giác quan nhạy bén, thân thể cường tráng, sợ nóng sợ lửa. Đặc biệt, có lời đồn cho rằng họ thích ăn thịt người, nhất là nội tạng người.
Một vụ giết người ly kỳ xảy ra tại nước Càn, khiến 4 quan nhân bị giết và mất tích. Mọi manh mối đều tập trung vào Kỳ tộc. Từ đây, Tô Cửu Nhi và Hàn Tranh trở thành cộng sự bất đắc dĩ. Nhờ vào sự thông minh của Cửu Nhi và sức mạnh phi thường của Hàn Tranh, bức màn bí mật dần dần được hé lộ. Trên con đường tìm ra sự thật, hóa giải hận thù giữa hai nước, cặp đôi cũng dần cảm mến và nảy nở tình cảm.