Phim Vượt Ngục Phần 4 – Prison break season 4 thuyết minh tập trung vào một nhóm nghiên cứu được tuyển dụng bởi đặc vụ An ninh nội địa mang tên Don Self nhằm có được Scylla. Mặc dù ban đầu, nhóm nghiên cứu tin rằng nó nằm trong “Sổ đen” của Hội Đồng Hành nhưng rồi nhóm được tung ra để thu thập thông tin về một loại pin tiên tiến có khả năng tái tái tạo năng lượng.
Trong nửa đầu của phần 4, nhóm nghiên cứu tìm cách lấy thẻ truy cập vào Scylla, và đột nhập vào trụ sở Hội Đồng Hành để ăn cắp nó. Sara được phát hiện vẫn còn sống, Bellick mới là người bị chết. Đặc vụ Don Self bị phát hiện là gián điệp hai mang và đang có kế hoạch bán Scylla cho người trả giá cao nhất.
Miễn cưỡng, Lincoln quyết định tham gia vào Hội Đồng Hành để khiến nó trở lại, trong khi Michael bị căn bệnh Hamartoma hạ đồi (thường gọi là HH – triệu chứng: hay cười, động kinh và mất kiểm soát hành vi). Anh được điều trị và phẫu thuật bởi Hội Đồng Hành. Sau đó Michael được biết mẹ của mình – bà Christina vẫn còn sống và chính là một đặc vụ của Hội Đồng Hành – người đã có được Scylla để bán cho người trả giá cao nhất.
Cuối cùng, series kết thúc tại Miami, nơi Scylla bị thu hồi bởi Michael và nhóm nghiên cứu, Tổng Hội và Hội Đồng Hành bị phá bỏ, Christina bị giết.